在人类细胞中，DNA充满了组蛋白、RNA和染色质相关蛋白，形成粘性凝胶。在任何给定时刻，只有蛋白质组的一个子集可以结合DNA并组织其结构、转录、复制、修复和其他基本分子功能。2025年5月22日，德国弗赖辛慕尼黑工业大学（TUM）生命科学学院Bernhard Kuster团队在Cell（IF 45.5）杂志上发表了题为“The human proteome with direct physical access to DNA”的研究文章，开发了一种“零距离”光交联方法来定量与活细胞中DNA直接接触的蛋白质，这为探索基因组调控开辟了一条直接途径，适用于许多生物体和系统。

设计結果

1、从光敏塑造生殖细胞中抽取DNA热塑蛋白质

要为分离出光热塑球脂肪酸-DNA复合型物用作LC-MS剖析，写作者制作新一种性质发生变化纯化情况报告，可从DNA中避开非你热塑球脂肪酸，仅在照晒时按照就直接基因组组碰到生物富集DNA热塑球脂肪酸。用TRIZOL分离出染色法质并避开落网获的非热塑球核淀粉酶，随后将其重融解以参与RNase代谢。按照mri截段得到球脂肪酸热塑DNA的分离出物，在硫氰酸胍中烧沸性质发生变化，并在二氧化物硅离心法柱上阵发性干洗以避开非你热塑球脂肪酸难寻达到。按照核酸酶治理从DNA中挥发释放光热塑球核淀粉酶，并参与胰球核淀粉酶酶代谢用作LC-MS剖析。该做法取名为球脂肪酸热塑DNA分离出或XDNAX。

图1.血清质化学交联DNA截取或XDNAX程序步骤（图源：Trendel, et al., Cell 2025）

2、可马上触碰DNA的淀粉酶质图谱

将光交连技术应运于MCF7内部，看见了1,805种侯选人蛋清，之中1,191种出现于3个或多次重新中。60%的DNA上下级反应组有带核酸组合的GO参考文献标注，在缺泛核酸组合参考文献标注的蛋清质中，最主要的影响来于核纤层蛋清，其二是加入印染质组建和内部裂变的蛋清质（图2）。

图2 . 可随便沾染 DNA 的球蛋白质含量（改自：Trendel, et al., Cell 2025）

图3归纳了DNA彼此之间用处组所蕴含的蛋清质-DNA表层极其包扩的核苷酸交连肽。这包扩因为（1）球状DNA综合型式域、（2）DNA 综合无序性区（IDR）和（3）因为与其他的蛋清质（随后组蛋清综合蛋清）、RNA（随后剪接细胞因子）或相剥离 区室（随后核仁蛋清）彼此之间用处而使得的生态环境近乎。

图3 . 可立即了解 DNA的节构域（改自：Trendel, et al., Cell 2025）

3、降钙素原检测血细胞扰动期间里与DNA融合的转录因素

雌抗生素球蛋白酶激酶α（ESR1）驻带到胞质溶胶中，是直到出现其配体，释放易位到生殖人体细胞系，在这里它与染色体组中的指定范围相结合以提高指定的转录子程序。将血清饥饿的MCF7生殖人体细胞系暴漏于高极量雌抗生素（10 nM 17β-雌二醇）44几分钟，与仿真模拟处里的比对生殖人体细胞系较为想一想的DNA能够 之间用途组（图4A）。中间，雌抗生素畅快后DNA能够 之间用途组中的ESR1增大了30倍（图4B）。总的看来，在1,814个化学发光法的球蛋白酶质-DNA能够 之间用途中，约有9%展示出可超过2倍的有效转变 ，并了解到与ESR1享有能够 之间用途的球蛋白酶如POLR2A和SMARCA4等（图4B-C）。

图4 雌女性激素操作乳腺纤维癌肿瘤细胞 DNA 彼此之间目的组的参考值相对比较（图源：Trendel, et al., Cell 2025）

个人总结

学习进去表观遗传组的球营养素以掌握它是怎么被加载并付诸时间的，一种是科技的探究工作员一位长时的向往。表观遗传组可及性主要以DNA为机构的角度来来进行学习，因此，到到目前 ，染色法质抑菌凝胶中的哪些问题球营养素与DNA 发觉热学共同之间目的尚不知道。利用零离光化学交联，可发觉DNA共同之间目的组中的基本上都数球营养素，XDNAX科技将最为球营养素-DNA共同之间目的学习的强硬APP。

拜谱个人总结

该研究基于LC-MS/MS蛋白质谱开发的XDNAX技术，实现了活细胞内蛋白质与DNA直接相互作用的精准捕获与定量分析，绘制了高分辨率的人类DNA互作蛋白图谱，为解析基因组调控网络提供了全新工具。拜谱生物作为一家国内领先的多组学服务公司，可提供完善成熟的球蛋白质含量组学、绘制组学、产生组学、转录组学等多组学产品技术服务体系，整合多组学数据进行深入挖掘分析，全面解析机制机理等，助力高分文章发表。欢迎咨询！

参考使用文献综述：

Trendel J, Trendel S, Sha S, Greulich F, Goll S, Wudy SI, Kleigrewe K, Kubicek S, Uhlenhaut NH, Kuster B. The human proteome with direct physical access to DNA. Cell. 2025 May 14:S0092-8674(25)00507-0. doi: 10.1016/j.cell.2025.04.037.